Situé au fond du choeur, l'orgue de Fay-aux-Loges a été construit entre 1960 et 1962 par le facteur Roethinger, son harmonisation étant l'oeuvre de Robert Boisseau. Comme le souligne une plaque posée sur une face latérale du buffet, c'est Michel Chapuis qui a inauguré ce bel instrument le 3 Juin 1962. Récemment, il a fait l'objet d'un relevage par Bernard Raupp en 1991.
A noter les tuyaux de cuivre de chaque côté de la façade.
