Succédant à un instrument construit par Bridart au XVIIème siècle et perdu lors de la Révolution, l'orgue actuel est l'œuvre la plus importante et la plus aboutie du facteur orléanais Charles Beaurain, élève d'Aristide Cavaillé-Coll. Par ses dimensions (26 jeux sur 2 claviers), il est actuellement le deuxième orgue d'Orléans, juste derrière celui de la Cathédrale Sainte-Croix.
A la puissance majestueuse de son abondante batterie d'anche répond un ensemble de jeux de fond d'une grande poésie, lui donnant une personnalité affirmée et très attachante.
Bien qu'il ait subi quelques modifications en 1936, l'orgue de la Collégiale Saint-Aignan demeure un témoin de haute qualité de la facture d'orgue du milieu du XIXème siècle.
